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依照土地稅法第三十九條之二(農業發展條例第二十七條)規定申請不課徵土地增值稅的土地變更為非農業用地再移轉時,應如何課徵土地增值稅?

不課徵土地增值稅之土地承受人於其具有土地所有權之期間內,
曾經有關機關查獲該土地未作農業使用且未在有關機關所令期限內恢復作農業使用,或雖在有關機關所令期限內已恢復作農業使用、而再有未作農業使用情事時,於再移轉時應課徵土地增值稅。
前項所定土地承受人有未作農業使用之情事,於配偶間相互贈與之情形,應合併計算。作農業使用之農業用地,於本法中華民國八十九年一月六日修正施行後第一次移轉,或依第一項規定取得不課徵土地增值稅之土地後再移轉,依法應課徵土地增值稅時,以該修正施行日當期之公告土地現值為原地價,計算漲價總數額,課徵土地增值稅。
本法中華民國八十九年一月六日修正施行後,曾經課徵土地增值稅之農業用地再移轉,依法應課徵土地增值稅時,以該土地最近一次課徵土地增值稅時核定之申報移轉現值為原地價,計算漲價總數額,課徵土地增值稅,不適用前項規定。

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